Il est fréquent que l’on observe un syndrome de malabsorption à la suite d’une gastrectomie. Le brassage des aliments avec les sucs digestifs peut être insuffisant à cause de la capacité réduite du réservoir de l’estomac, particulièrement après une gastro-entérostomie. La perte du pylore peut provoquer une vidange gastrique rapide, un mauvais brassage de la bile et des sécrétions pancréatiques ainsi qu’un transit rapide dans l’intestin grêle. Le manque de coordination dans la sécrétion et le mauvais brassage de la bile et des sucs pancréatiques entraînent la mauvaise digestion des graisses. La prolifération bactérienne dans le syndrome de l’anse borgne (avec gastro-entérostomie) provoque la mauvaise digestion des graisses, des glucides, des protéines, des vitamines et des minéraux. Une chirurgie gastrique effectuée dans le but de permettre aux aliments de pénétrer dans la partie supérieure de l’intestin grêle, sans dilution et avec digestion minimale, peut avoir pour conséquence de démasquer une maladie coeliaque bénigne ou subclinique, un déficit en lactase ou une insuffisance pancréatique.